در بیکینی باتم دردسر بزرگی درست شده است. فردی تاج شاه نپتون را دزدیده و به نظر می‌رسد آقای خرچنگ، رئیس باب اسفنجی، مقصر این کار است. باب اسفنجی با وجود اینکه به تازگی فرصت ارتقای شغلی رویایی‌اش را از دست داده، پشت رئیسش می‌ایستد و همراه با بهترین دوستش پاتریک، راهی ماموریتی خطرناک به سمت شل سی می‌شود تا تاج را پس بگیرد و جان آقای خرچنگ را نجات دهد.

پدربزرگ پاتریک از یک ماشین زمان برای یافتن راه بازگشت به خانه استفاده می‌کند اما در این میان در ابعاد و زمان‌های مختلف ظاهر می‌شود و ...

باب اسفنجی و پاتریک به یک مأموریت برای نجات گری، که توسط پوزئیدون «دزدیده» شده‌است، می‌روند و آنها به شهر گمشده آتلانتیس سفر می‌کنند. این فیلم همچنین برای اولین بار منشأ دیدار باب اسفنجی با گری را فاش می‌کند.

باب اسفنجی و دوستانش در شهر زیرآبی خودشان، «مایو کنار» حضور دارند اما با اتفاقی ناگهانی تبدیل به ابرقهرمانانی کامپیوتری می‌شوند که باید دنیا را نجات دهند…